ЗЕЛЁНЫЙ НИНДЗЯ Лорду Гармадону удалось улизнуть вместе с Золотым оружием, и теперь он контролирует серпентинов. Ниндзя в это время все свои силы бросают на подготовку юного Ллойда, которому предстоит в решающей битве проявить всё своё мастерство, чтобы победить Лорда Гармадона. Лорд Гармадон, мечтая заполучить небывалое могущество, отправляется в Золотые горы, чтобы превратить четыре вида Золотого оружия в орудие мироздания — Мегаоружие. Заполучив Мегаоружие, лорд Гармадон возвращает к жизни существо, которое охотится на ниндзя — Грундала, и запускает вспять часы ниндзя. Ллойду, Зелёному ниндзя, приходится пожертвовать своим детством и принять свою судьбу.
Мегаоружие позволяет Лорду Гармадону отправиться назад во времени и попытаться помешать созданию команды ниндзя. Ниндзя следуют за ним в прошлое и возвращают всё на круги своя. Однако, кое-что всё же успевает произойти: Золотое оружие и Мегаоружие уничтожены. Взрывом их забрасывает в далёкий космос. По велению четырёхрукого Лорда Гармадона из глубин поднимается таинственный Тёмный остров. Близится час решающей битвы, но Ллойд никак не может справиться с волнением и не хочет сражаться с собственным отцом.
Ядовитый клык Великого Поглотителя — всё, что осталось от древнего чудовища — возвращает к жизни непобедимую Каменную армию. Единственный способ для ниндзя победить каменных солдат — использовать силы стихий, которые можно получить в Храме света. Здесь ниндзя становятся обладателями клинков стихий, а Ллойд получает силу Последнего мастера Кружицу. Тем временем на Тёмном острове Лорд Гармадон строит из тёмной материи совершенное оружие — Гарматрон. Но Оверлорд уже готов претворить в жизнь свой коварный план: он вселился в Гармадона и встал во главе его армии. В решающей битве он будет противником Ллойда.
Когда кажется, что уже все потеряно, Ллойд находит в себе новые силы и превращается в Золотого ниндзя. Он уничтожает Оверлорда и восстанавливает равновесие между добром и злом. Постепенно зло полностью исчезает из души Гармадона. С этого момента он становится добрым мастером Гармадоном. Но куда же делся Оверлорд?. .